合肥市食品药品监督检验所始建于1985年，2002年从合肥市卫生系统成建制划转到合肥市食品药品监督管理系统。2012年2月23日，根据合肥市机构编制委员会办公室（合编办【2012】17号）“关于原地级巢湖市食品药品监督检验所更名的批复”，同意将原地级巢湖市食品药品监督检验所更名为“合肥市食品药品监督检验所”，加挂“合肥市药品不良反应监测中心”牌子 。

该所是全市唯一一家负责药品、餐饮食品、保健食品、化妆品、药包材、医疗器械和空气净化检测的法定检测机构；参加药品标准的研制；指导辖区内药品生产、经营、使用单位质检机构的业务技术工作；培训检测人员；有计划地开展科研项目。科室设置有检验科室如化学室、中药室、生测室、食品室、保化室、药理室、药包材、医疗器械检测室等；职能科室有业务室、监督办、质保室、办公室；另外还设立有不良反应监测室。

合肥市食品药品监督检验所1999年首次通过计量认证，主要包括79个药品检测参数。2010年，由于检测职能的大幅增加，为了适应监管的新形势，开始逐渐加大仪器设备的装备力度，由最初单一的79个药品检测参数，发展到现在包括药品、食品、保健食品、化妆品、净化检测五大类共261个检测参数。